Образ героя был близок местным хтоническим божествам. Он считался сыном Эрихфония и отцом близнецов Эрехфея и Бута. В текстах некоторых мифов, широко распространенных на территории, занятой ионийцами, Пандион почитался как основатель царских династий.
Многие античные авторы называли героя отцом Эгея, Палланта, мегерского царя Ниса, Лика, правящего в Малой Азии, дочерей Прокны и Филомелы, породнившихся с фракийским царем Тереем.
Если учитывать мифическую хронологию, то время жизни Эгея и Ниса было отделено от эпохи заселения Афин пятью поколениями. Отсюда и возникло раздвоение образа самого известного афинского правителя. Пандион Второй стал правнуком Пандиона Первого.
Пандиона Второго изгнали из Афин, он женился на дочери мегарского царя и стал правителем этой страны. После его смерти сыновья отвоевали Аттику и отделили Мегару от Афин.